Yaylardan ve hassas perdelerden oluşan flüt her zaman dikkat edilmesi gereken bir çalgıdır. Çarpma, düşme, sarsıntı gibi her türlü durumda perde ayarlarının bozulması, yaylarının kırılması mümkündür. Bu sebeple kılıf içerisinde de olsa taşırken dikkat etmek gerekir.
Flütün üzerindeki vidalar belli bir sıkılıkta ayarlanmıştır ve perde ile delik arasındaki boşluk ayarları bu vidalarla yapılır. Vidaların çok fazla gevşemesi ya da sıkılması perdelerin çalışmasını zorlaştıracaktır. Tecrübe kazanmadan vidalarla oynamak, çalgı ayarlarının bozulmasına neden olur. Perde ayarlarının bozulması, bir ya da birkaç sesin zor çıkmasına ya da hiç çıkmamasına sebep olur. Bu durumda sesi çıkarmak için perdelere daha kuvvetli basma ihtiyacı hissedilebilir. Böyle bir durumla karşılaştığınızda flüt öğretmeninize ya da bir çalgı bakım onarım teknisyenine başvurmanız gerekir.
Yapım malzemesinin metal olmasından dolayı, çalışılan ortamın havası da flüt için son derece önemlidir. Nemli ortamlarda flüt kolayca oksitlenebilir, flütün rengi sararabilir. Nem aynı zamanda güderilere de zarar verecektir. Ani hava değişimlerine dikkat edilmeli, çalışılan ortamın çok sıcak ya da soğuk olmamasına özen gösterilmelidir. Flüt, oksitlenmesi durumunda bir uzmana temizletilmelidir. Oksitlenme, flütün komple sökülüp temizlenmesini gerektirir ve bu işlem ancak çalgı bakım onarım teknisyeni tarafından yapılabilir.
Flütün parçalarını takıp çıkarırken eklem yerlerinde zorlanma olmaması gerekir, perdelerin üzerinden tutarak değil; gövdede marka logosunun olduğu bölümden tutarak ve çevirerek parçaların takılması doğrudur. Aksi durumlarda flüt zarar görebilir, dikkatle ve özenle davranmak gerekir.